Морская инквизиция: В Новый Свет описывает ситуацию, в которой морское пространство сталкивается с растущей угрозой пиратства и корсарства, ставящей под удар безопасность побережья и торговые пути. Основная проблема заключается в необходимости установления контроля и порядка на море, что требует создания специального морского подразделения при церкви. В центре внимания оказывается виконт, оказавшийся в сложном положении: он стремится выполнить поручение по наведению порядка сначала в Средиземном море, но вскоре его миссия переносится на опасные воды Карибского моря, где уровень пиратской активности критически высок. Его возможности связаны с наличием средств, официальных полномочий и поддержки Святой Инквизиции, которая готова выдать необходимые документы и обеспечить экипаж подходящего уровня. Ситуация осложняется необходимостью приобрести и вооружить военный корабль, а также собрать команду людей, преданных делу и готовых к обороне побережья на пределе возможностей.

Виконт сталкивается с вызовами, связанными с подготовкой к борьбе против пиратов, поддержанием своей безопасности и попытками получить официальный титул графа, который станет подтверждением его статуса и поможет в реализации намеченных планов. В процессе реализации этой задачи происходит обмен информацией с церковными и светскими властями, ведутся переговоры о помощи и поддержке. Находясь под давлением обстоятельств и с оглядкой на личное прошлое, герой вынужден принимать решения, которые влияют на ход событий и его будущее положение. В итоге формируется новая роль виконта как ключевого участника морской обороны в регионе, при этом остаются открытыми вопросы о полноте поддержки, успехе предприятия и дальнейших последствиях борьбы с пиратством.