Собери себя сам 3 представляет собой продолжение серии, в котором описывается мир, переживший серьёзные изменения: исчезновение старых городов и цивилизаций, появление новых форм жизни и технологий, а также конфликт между разными видами существ. В этих условиях появляются существа, называемые слизнями, которые обретают индивидуальность и способность к мышлению благодаря внедрению нейросетей. Одновременно происходит столкновение с экзорами — существами, обладающими магическими и технологическими способностями, а также с так называемыми пустыми, которые становятся объектом охоты и испытаний. Центральной фигурой является персонаж по имени Рахт, оказавшийся в сложной ситуации: он связан с научными экспериментами и технологиями, которые изменяют суть разумной жизни.

Его задачи связаны с выживанием и пониманием новых реалий, необходимость справляться с опасностями и искать союзников. В ходе повествования происходит развитие конфликта между различными формами разума и сил, а также проявляется внутренняя борьба отошедших от изначальных предназначений созданий. Усложнение ситуации проявляется в том, что технологии и магия взаимодействуют, создавая новые вызовы и неопределённость, а герою приходится принимать решения, основанные на ограниченной информации и условиях риска. В итоге происходят события, которые влияют на его положение в этом мире, дают новые возможности, но одновременно оставляют открытыми вопросы о будущем и природе разума.