Где исчезают корабли описывает период напряжённости и неизвестности, связанный с военными событиями и конфликтами в колониальных владениях. На фоне подготовки к возможному нападению силы сталкиваются с ограниченными запасами боеприпасов и угрозой наступления враждебных флотов. Испанские войска, закрепившиеся на островах и ведя борьбу с местными племенами и султанатами, оказываются в положении, требующем балансирования между военной службой и общественной ответственностью. Среди них выделяется персонаж, который активно участвует в командной и общественной жизни, пытаясь быть заметным начальству и влиять на обстановку, в то время как другие остаются менее вовлечёнными. События осложняются появлением загадочных кораблей необычных форм, не подчиняющихся привычным законам мореплавания, что вызывает у участников конфликта сомнения в природе противника и его возможностях.

Это приводит к переосмыслению их роли и задач, а также к внутреннему конфликту между долгом и моральными сомнениями относительно войны и её целей. Дополнительно ситуация усложняется появлением беглянки, которая долгое время скрывалась на берегу, и новыми сведениями разведки, усиливающими угрозу нападения. В условиях ограниченных ресурсов и неопределённости герои вынуждены принимать решения, которые влияют как на их судьбы, так и на исход конфликта. Итогом становится сохраняющаяся напряжённость и дилемма между подготовкой к обороне и попытками понять природу сил, с которыми приходится сталкиваться.