41ый год описывает ситуацию в начале Великой Отечественной войны, когда на советскую территорию вторгается немецкая армия. Эта война становится масштабной катастрофой с тяжёлыми потерями для страны и её народа. В условиях хаоса и разрушений появляется необходимость найти способ повлиять на ход военных действий и уменьшить потери. Центральным персонажем выступает старшина пограничной службы по имени Геннадий Пухов, погибший при выполнении своей службы, тело и память которого используются для эксперимента. Он оказывается вовлечён в необычное испытание — повторно «оживает» в критический момент начала войны с полным набором знаний и навыков своего прототипа. Перед ним ставится задача изменить ход событий, ускорить победу и сократить человеческие жертвы. Однако попытки воздействовать на развитие войны сталкиваются с многочисленными сложностями.

Внешние обстоятельства остаются напряжёнными, противник силён и хорошо подготовлен, а союзники страдают от неорганизованности и страха перед карательными органами. Внутренние конфликты, недоверие между различными военными формированиями и собственные ограничения героя создают дополнительные препятствия. В ходе развития ситуации усиливается давление, и приходится принимать трудные решения относительно тактики действий и распределения ресурсов. Герой стремится найти баланс между эффективностью операции и сохранением жизни своих товарищей, сталкиваясь с необходимостью учиться и адаптироваться в условиях опасности и неопределённости. В результате экспериментального вмешательства происходит частичное изменение военной обстановки, открываются новые возможности, но и сохраняются сложные противоречия. Сохраняется дилемма влияния отдельных поступков на масштабные исторические процессы и цена таких усилий в человеческих потерях.