Моя жизнь хикикомори. Том 3: После перемен описывает ситуацию, в которой молодой человек оказывается в нелёгких обстоятельствах после серьёзной травмы и длительной комы. Его возвращение к жизни сопровождается изоляцией в особняке с высоким уровнем комфорта и многочисленными ограничениями, связанными с медицинскими процедурами и необходимостью восстановления. Несмотря на окружение роскошью, главный герой сталкивается с отчуждением и недостатком информации о своём прошлом, что осложняет понимание собственной идентичности и места в мире.

На него возлагаются определённые обязанности и ожидания, связанные с положением в богатой семье, однако доступ к прошлым воспоминаниям закрыт, а те, кто его окружает, ведут себя так, будто стараются скрыть правду и оградить от прошлых событий. Внезапно его жизнь приобретает новый поворот благодаря встречам с разными людьми, демонстрирующими свои умения и взгляды, что заставляет главного героя переосмыслить своё отношение к окружающему миру и самому себе....