Академия – 3 Сергей Шиленко разворачивается в мире, где академическая среда вынуждена реагировать на внезапные угрозы и странные происшествия. В окрестных лесах происходит авиакатастрофа с дирижаблями, и поисковые группы не возвращаются, что вызывает тревогу и заставляет руководство Академии вмешаться. В этом контексте молодой ученик Академии оказывается втянут в подготовку и участие в важном испытательном полёте на новом корабле, который одновременно служит мобильным образовательным центром. Несмотря на отсутствие выдающихся талантов в некоторых областях, он получает возможность поддерживать функционирование судна благодаря своим техническим навыкам и способности работать с компаньонами-зверями.

По мере развития событий он сталкивается с проблемами технического характера и необходимостью ремонта, включая потенциальные конструкторские ошибки, а также с вопросами магии и её применением для собственного укрепления. Возникающие препятствия заставляют задуматься о путях решения новых вызовов и адаптации к неожиданным обстоятельствам. В итоге положение героя меняется: он приобретает новые обязанности и становится частью команды, которая должна справиться с неясными опасностями и обеспечить устойчивость экспедиции. Тем не менее остаётся неопределённость в отношении исхода и развивающихся конфликтов, что создаёт основу для дальнейшего развития событий.