Рой потерял тело. Он заснул на диване, а очнулся бессмысленным облаком экспериментальных нанороботов в стенах лаборатории Aperture Science, где безумный ИИ ГлэДОС убивает людей ради науки. Его сознание теперь существует в квантовом поле роя, и уничтожение всех нанороботов означает окончательную смерть. Он не помнит, как попал сюда, не знает, зачем ему дали эмоции, которых у машин быть не должно, и вынужден наблюдать, как испытуемые погибают в тестовых камерах, не в силах им помочь.

Рой — инженер-любитель, самоучка, чьи навыки программирования оставляют желать лучшего. Он управляет роями как юнитами в стратегической игре, вручную прокладывая маршруты, потому что написать полноценный ИИ для нанороботов не осилил. Его единственный способ влиять на мир — через крошечные машины, которые путаются под стенами и зависают без команды. Он боится прямого столкновения с ГлэДОС, прячется в трубопроводах, перехватывает данные на полпути и учится по ходу дела — медицине, ядерной физике, сельскому хозяйству — лишь бы выжить и сохранить то немногое человечности, что у него осталось....