Аномальщик – 3 исследует мир, в котором СССР продолжает существовать в параллельной реальности, сталкиваясь с появлением аномалий — прорывов из других миров с дикой природой и опасными существами. Эти аномалии представляют серьёзную угрозу, вызывая трагедии и разрушения, а попытки понять их природу и найти способы защиты становятся важной задачей для научных и специальных структур. В центре внимания оказывается организация, занимающаяся изучением этих феноменов, где отдельные специалисты проходят специализированную подготовку для участия в экспедициях в зоны аномалий. Один из таких проектов посвящён «Пульсару» — циклической аномалии с относительно коротким периодом, что позволяет сформировать и отправить исследовательскую группу на два месяца без возможности связи с родиной. За этим проектом наблюдают высокопоставленные лица, а ключевые специалисты, включая опытных аномальщиков и молодых стажёров, оказываются вовлечёнными в сложную работу по анализу и ликвидации источника бедствий.

В ходе подготовки и исследования возникают препятствия, связанные с засекреченностью информации и необходимостью держать эксперименты и действия под строжайшим контролем. Отношения внутри группы, личные связи и внешнее давление создают дополнительные сложности, которые влияют на ход экспедиции и её задачи. В итоге действия участников направлены на достижение понимания природы аномалий и предотвращение повторения трагедий, однако ситуация остаётся напряжённой и неоднозначной, открывая возможности для дальнейших испытаний и решений. Андрей Розальев предлагает продолжение повествования о столкновении человеческой науки и силы неизвестного, оставаясь при этом в рамках жёстких условий и ограничений, предопределённых обстоятельствами мира и характера нарушения порядка.