Ситуация усложняется внутренними конфликтами в училище, где реформы, проводимые Пелагией, вызывают сопротивление и критику среди коллег. Отказ от части учебных дисциплин и сокращение числа предметов в программе сталкиваются с неоднозначной реакцией и создают дополнительный фон для развития событий. Монашеский порядок и внешние социальные требования сталкиваются с потребностью в реформах и модернизации, что усиливает напряжённость и увеличивает число препятствий.

Пелагия принимает решения, направленные на упорядочение образовательного процесса и на поиск истины в запутанном деле. Её действия отражают стремление к разумному и взвешенному подходу, несмотря на давление со стороны церковной иерархии и общественного мнения. В процессе раскрытия характеров и мотивов задействованных лиц складывается картина, в которой мистические и религиозные темы переплетаются с реальностью расследования, придавая сюжету особый колорит.

В итоге остаётся открытой дилемма, связанная с балансом между обязанностями Пелагии как руководителя учебного заведения и её ролью в расследовании, а также с последствиями принятых решений для всех участников событий. Сложившаяся ситуация демонстрирует столкновение традиций и новых запросов, а также напряжение между личным и общественным долгом, что отражается на положении главной героини и на развитии общего конфликта. Текст «Пелагия и красный петух» Борис Акунин сочетает в себе исторический фон и элементы детективного сюжета, построенного на взаимодействии человеческих характеров и сложившихся обстоятельств.