НИИ особого назначения – 2 описывает ситуацию, в которой необычные и сложные обстоятельства нарушают привычный ход жизни в исследовательском институте. В центре внимания оказывается персонаж, чья роль связана с участием в специальных миссиях и взаимодействием с другими членами команды, при этом он сталкивается с информационными пробелами и непредсказуемыми событиями, которые влияют на его восприятие реальности и порядок вокруг. Обычный распорядок меняется после серии загадочных происшествий, включающих эксперименты с метапсихическими способностями, взаимодействие с таинственными технологиями и попытки выяснить правду о незнакомых явлениях. Возникает конфликт между тем, что известно герою, и тем, что происходит вокруг, сопровождаемый непониманием и странным поведением окружающих.

Сложность ситуации возрастает из-за недоверия, неожиданных изменений в людях и внешних угроз, мешающих работе и создающих препятствия для достижения целей. Герой принимает решения, которые требуют быстроты и осторожности, пытается разобраться в непонятных событиях и предупредить опасности, при этом сохраняя сотрудничество с командой и стремясь сохранить собственную безопасность. Конечным результатом становится изменение восприятия действительности, усиление напряжённости внутри коллектива и неоконченная дилемма, связанная с разгадкой происходящего и возможными последствиями для всех вовлечённых.