Черная книга Александра Домовца описывает ситуацию, в которой происходит сложное расследование преступления, вызвавшее напряжённость и вмешательство различных ведомств. Центральной фигурой становится полицейский следователь Дмитрий Морохин, который находится в ограниченных условиях работы и вынужден сотрудничать с сотрудником военной контрразведки. Его задача — разобраться в обстоятельствах убийства крупного историка, что осложняется вниманием прессы и заинтересованностью властей. Расследование меняет прежний порядок, поскольку появляются новые подозреваемые, среди которых люди с военным опытом и те, кто связан с тайными организациями. В ходе работы возникают препятствия: отказ свидетелей, скрытность близких потерпевшего, а также внутренние конфликты и подозрения в предательстве.

Ситуация усложняется, когда выясняется, что преступник оказался способным на неожиданные действия, а обстановка расследования требует оперативных и нестандартных решений. Следователь предпринимает попытки установить местонахождение подозреваемых, наладить сотрудничество между ведомствами и выявить истинные мотивы преступления. В результате развивается напряжённый процесс, где каждый шаг подвергается сомнению, а исход остаётся неопределённым. Главный итог — открытый конфликт и продолжающаяся борьба за раскрытие дела, что меняет положение героя и оставляет вопросы без окончательного ответа.