УГРО-46 отражает напряжённую обстановку послевоенного городка Зареченска в июне 1946 года, где ситуация с преступностью обостряется, а органы правопорядка остаются на пределе сил и ресурсов. В таких условиях капитан милиции Степнов оказывается в ответственном положении, ведя работу уголовного розыска с ограниченным числом сотрудников и сталкиваясь с серьёзными вызовами в борьбе с вооружённой бандой. Его обязанности включают организацию оперативных мероприятий, расследование убийств и удержание порядка в неспокойном районе, что осложняется внутренними напряжениями и предательствами в среде informаторов и помощников. Поворотным моментом становится обнаружение связей преступников с предателями внутри милиции, а также серия насильственных актов, включая убийство добровольного помощника и попытки дезорганизации работы УГРО.

В результате усилий Степнова и его команды происходит серия захватов и боестолкновений с бандитами, но ситуация остаётся сложной из-за нехватки ресурсов, морального напряжения и непредсказуемости противника. Усложняются задачи обострением внутреннего конфликта между сотрудниками и необходимостью быстро принимать решения в условиях постоянной угрозы. Степнов принимает на себя руководство в критической обстановке, распределяет обязанности и организует действия по нейтрализации угрозы, что приводит к фиксации и предотвращению новых преступных актов, но оставляет открытыми вопросы о безопасности и будущем УГРО. Итогом становится ситуация, в которой порядок частично восстановлен, однако напряжённость и риск повторных конфликтов остаются, а распоряжение дел в условиях ограниченных ресурсов требует постоянного внимания и новых решений.