Красный вервольф – 2 повествует о сложной ситуации в оккупированном Пскове во время Второй мировой войны, где на фоне военных действий и оккупации развивается напряжённый конфликт, связанный с исследованием феномена ликантропии. В центре событий оказывается человек, который находится в тесной зависимости от обстоятельств и ограничений жесткой военной и административной системы, в которой он вынужден действовать. Его задача — разобраться в происходящем в госпитале и среди местных жителей и найти подход к ситуации, в которой переплелись научные эксперименты, мистические предположения и интересы военного командования. Перемены начинаются с появления нового администратора, намеренного переоборудовать старую психиатрическую больницу в исследовательский центр, где будут проводиться опыты на людях, что вызывает недоверие у местных и создаёт напряжённость.

Ситуация усложняется тем, что вокруг феномена ликантропии формируется заговор с целью присвоения ценностей и использования новых знаний в военных целях, что заставляет главного героя столкнуться с необходимостью принимать решения в условиях нечестности и опасности. Он сталкивается с непредсказуемостью союзников и врагов, противостоянием со стороны преданных нацистов и одиночеством в попытках сохранить контроль над происходящим. В итоге герой предпринимает меры, позволяющие отсрочить опасные действия, но при этом остаётся запутанным в хитросплетениях лжи и манипуляций, что отражает сохраняющуюся нестабильность положения и оставляет открытым вопрос дальнейшей борьбы и принятия решений.